Existem dois tipos de MHC, que atuam de maneiras semelhantes mas possuem algumas funções e modo de operar diferentes. São o MHC de Classe I e o MHC de Classe II.
Imagens comparando as moléculas de MHC I (1hsa) e MHC II (1dlh)
Todas as células nucleadas do corpo sintetizam MHC de Classe I. Esta apresenta os antígenos em sua superfície da seguinte maneira: a proteína invasora é processada no citoplasma e transportada até o Retículo Endoplasmático através da proteína transportadora TAP. No interior do RE ocorre a ligação do peptídeo processado com as proteínas superfíciais do MHC de Classe I (estas são sintetizadas no interior do RE), essa ligação resulta em um complexo estável que é transportado até a superfície da célula por vesículas do Complexo de Golgi onde pode ser apresentado às Células T Citotóxicas.
Apenas as células apresentadoras de antígenos profissionais (Células dendríticas, macrófagos, Células B e algumas células epiteliais) expressam o MHC de Classe II. Esta apresenta os antígenos em sua superfície do seguinte modo: O organismo invasor é endocitado e processado no interior do endossomo, enquanto isso ocorre a síntese das proteínas do MHC de Classe II no interior do RE, estas são transportadas até o Complexo de Golgi e de lá seguem em direção à membrana plasmática, no meio do trajeto as proteínas do MHC de Classe II encontram-se com o endossomo e então ocorre a ligação com o peptídeo processado. O complexo formado é então transportado até a superfície celular e apresentado às Células T Auxiliares.
A imagem acima demonstra as diferenças estruturais entre os tipos de MHC. A letra N indica o local onde ocorre a ligação entre o complexo e a proteína antigênica.
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